原稿台紙の四隅のカギ括弧内に原稿を収めた場合、仕上がり時に3ミリの白いフチができるということですか？

3mmの白いフチにはなりません。
ですが、断裁時の微小なズレによる誤差により「僅かにフチが白くなってしまう可能性」があります。

下記のような方法で黒い実線部分まで背景で埋めることをおすすめいたします。
・ペンで色を塗る
・色紙やマスキングテープを貼る

また、切り貼り編集のポイントや注意点を詳しくまとめた「切り貼り編集作成例」を下記よりご確認いただけますのでご参考ください。