複数の担当者で原稿データを作成しているため、2つのメディアで入稿しても大丈夫ですか？

可能です。
メディアは２つに分かれても問題ありません。

【注意点】
（１）ページ数等が分かるようにファイル名を付けてください。
（２）返送用封筒に記載されているチェックリストの「データ送付メディア」にチェックを付けて、念のため「２つ」とお書き添え下さい。