イラストレーターを使用して原稿データを作成しても大丈夫でしょうか？

可能です。
その際、下記の注意点をご確認下さい。

【注意点】
（１）原稿データは画像ではなく「PDF」に変換後ご入稿をお願いします。
（２）原稿の作成方法は「切り貼り編集」扱いとなります。
※「パターン編集用イラストデザイン集」は使用できません。
（３）ご入稿いただく本文のPDFは「見開きではなく単ページ」、「塗り足しが天地左右に3ｍｍずつ付いたサイズ（216ｍｍ×303ｍｍ）」でお願いします。

また、PDFデータでご入稿いただく場合のサイズ図解や注意点・よくあるご質問・ご相談等をまとめた資料がございますので下記をご参考ください。