暗めの写真を使用すると、印刷後に顔が見えなくなる可能性はありますか？

はい。
暗めの写真を使用すると、スキャン・印刷の工程でさらに暗くなる可能性がございます。
原稿作成の段階で、できるだけ「明るくて綺麗な写真」を使用して下さい。